上海海事大學(xué)是一所以航運、物流、海洋為特色，具有工學(xué)、管理學(xué)、經(jīng)濟學(xué)、法學(xué)、文學(xué)、理學(xué)和藝術(shù)學(xué)等學(xué)科門類的多科性應(yīng)用研究型大學(xué)。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協(xié)議，共建上海海事大學(xué)。2018年，學(xué)校納入上海市高水平地方高校建設(shè)。

上海海事大學(xué)設(shè)有3個博士后科研流動站（交通運輸工程、電氣工程、管理科學(xué)與工程），4個一級學(xué)科博士點（交通運輸工程、管理科學(xué)工程、船舶與海洋工程、電氣工程），17個二級學(xué)科博士點，17個一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點，64個二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點，13個專業(yè)學(xué)位授權(quán)類別，52個本科專業(yè)。擁有19個省部級重點研究基地?，F(xiàn)有1個國家重點（培育）學(xué)科，1個上海市高峰學(xué)科，2個上海市高原學(xué)科，9個部市級重點學(xué)科，工程學(xué)、計算機科學(xué)、社會科學(xué)總論和材料科學(xué)4個學(xué)科進入ESI全球前1%，港航物流學(xué)科保持全球領(lǐng)先。5個國家級特色專業(yè)，1個國家級綜合改革試點專業(yè)，15個國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點，6個教育部卓越工程師教育培養(yǎng)計劃專業(yè)，17個上海市本科教育高地?，F(xiàn)有2個國家級實驗教學(xué)示范中心，2個國家級虛擬仿真實驗教學(xué)示范中心，5個國家級實踐教學(xué)示范中心，1個全國示范性工程專業(yè)學(xué)位研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地。設(shè)有水上訓(xùn)練中心，擁有4.8萬噸散貨教學(xué)實習(xí)船“育明”輪。

在2004年教育部本科教學(xué)工作水平評估和2006年教育部英語專業(yè)教學(xué)評估中獲得優(yōu)秀。近年來，科技服務(wù)能力不斷提升，獲一批國家級科研項目及部市級以上科技進步獎。

實行校院二級管理體制，現(xiàn)設(shè)有商船學(xué)院、交通運輸學(xué)院、經(jīng)濟管理學(xué)院（上海高級國際航運學(xué)院、亞洲郵輪學(xué)院）、物流工程學(xué)院（中荷機電工程學(xué)院）、法學(xué)院、信息工程學(xué)院、外國語學(xué)院、海洋科學(xué)與工程學(xué)院、理學(xué)院、徐悲鴻藝術(shù)學(xué)院、馬克思主義學(xué)院、物流科學(xué)與工程研究院、體育教學(xué)部、國際教育學(xué)院、繼續(xù)教育學(xué)院、上海港灣學(xué)校等二級辦學(xué)部門。在27000余名學(xué)生中，有全日制本科生16000余人，各類在校研究生近8000人，留學(xué)生900余人。在近1300名專任教師中，有教授190余名。學(xué)校致力于培養(yǎng)國家航運業(yè)所需要的各級各類專門人才，已向全球港航業(yè)單位、政府機構(gòu)輸送了逾20萬名畢業(yè)生，被譽為“高級航運人才的搖籃”。

上海海事大學(xué)2013年成立中國（上海）自貿(mào)區(qū)供應(yīng)鏈研究院和上海高級國際航運學(xué)院。中國（上海）自貿(mào)區(qū)供應(yīng)鏈研究院將自貿(mào)區(qū)建設(shè)與供應(yīng)鏈研究有機結(jié)合，以提升自貿(mào)區(qū)產(chǎn)業(yè)鏈建設(shè)水平，促進自貿(mào)區(qū)貨物貿(mào)易向服務(wù)貿(mào)易的轉(zhuǎn)型發(fā)展，同時推動政府監(jiān)管職能的轉(zhuǎn)變。上海高級國際航運學(xué)院采取國際上先進的商學(xué)院運作模式，與全球優(yōu)秀教育機構(gòu)資源共享，著力打造國內(nèi)領(lǐng)先、國際知名的航運金融教育品牌，構(gòu)筑具有影響力的航運高端人才輸出基地。

2008年，上海市教育委員會、上海市城鄉(xiāng)建設(shè)和交通委員會、上海海事大學(xué)、虹口區(qū)人民政府等20多家單位共同發(fā)起成立上海國際航運研究中心。中心掛靠上海海事大學(xué)，是國際航運業(yè)發(fā)展的研究和咨詢機構(gòu)，為政府和國內(nèi)外企業(yè)與航運機構(gòu)等提供決策咨詢和信息服務(wù)，是上海市教委首批建立的“高校知識服務(wù)平臺”之一。 2014年，市教委將該平臺掛牌為“上海市協(xié)同創(chuàng)新中心”。